La carrera comenzaba movidita entre los coches. Con un recorrido alternativo al que afrontaban las motos y los quads, los coches se han encontrado con una gran trampa de barro en torno al kilómetro 180 que no ha hecho ningún tipo de distinción y que ha dejado atrapados a vehículos de 2RM o de tracción total. Aunque muchos pensaran que los Peugeot 2008 DKR16 podrían pasar momentos complicados en este terreno, los 700 kilómetros menos de peso, así como unos neumáticos especifico permitieron a los hombres del equipo galo sortear dicho obstáculo sin apenas problemas.
Lástima que por aquel entonces Carlos Sainz ya hubiera tenido que detenerse durante casi quince minutos debido a problemas en su motor. El madrileño conseguía continuar y se lanzaba en tromba junto al resto de sus compañeros que luchaban por posiciones de cabeza para tratar de recuperar parte del tiempo perdido. Mientras tanto, la etapa se iba cobrando muchas víctimas, demasiadas para ser la primera etapa y entre ellas nombres muy importantes.
Es el caso de Xevi Pons y Nani Roma, los cuales, tras estar delante en la etapa prólogo, veían como la primera etapa competitiva les pasaba gran factura, necesitando el de X-Raid 43 minutos para poder salir del barro y 52 en el caso del debutante. Malos recuerdos para Nani que el año pasado ya decía adiós a defender su victoria en el Dakar 2014 debido a problemas en su MINI. Este año no ha perdido todas las opciones ni mucho menos, pero es un buen contratiempo empezar con tantos minutos perdidos (casi 47 minutos y hora y media para Pons después de romper la caja de cambios) desde el principio. Robby Gordon, los MINI de Orlando Terranova y Nasser Al-Attiyah o el buggy monoplaza de Tom Coronel eran otros de los que sufrían para poder desatascarse y volver a la carrera.
Los Peugeot 2008 DKR han demostrado su evolución desde la edición pasada y a pesar de los problemas de Sainz con el motor y los que tuvieron con los anclajes del capó durante la prólogo, han presentado su candidatura a la victoria de este Dakar en una etapa en la que en teoría ellos no tenían las de ganar. Con Carlos Sainz y Sébastien Loeb marcando los mejores tiempos en el paso por todos los Way Points, salvo en uno, el primero, en el que saltaba la sorpresa y era Martin Prokop y su Toyota Hilux V8 los que se anotaban el mejor tiempo.
A partir de ahí, el alsaciano ha demostrado un gran ritmo, anotándose su primera victoria de etapa en el Dakar en el primer recorrido claramente representativo (la prólogo contaba para la general pero tan sólo eran 11 kilómetros contra el crono) y el liderato junto con el varias veces puesto en entredicho, Daniel Elena. No han sido los únicos que ha completado una gran etapa. Cyril Despres, que no pasó del papel de mochilero en 2015 y que se ha propuesto ser algo más en esta edición y Mikko Hirvonen, el cual ha aprovechado los problemas de sus compañeros para terminar siendo el mejor MINI de X-Raid.
Gran papel del finlandés del que no hay que olvidar que también es uno de los debutantes (corrió la Baja a España y el Rallye du Maroc). Stéphane Peterhansel sellaba el doblete de Peugeot, aunque la fiesta de los del león podría haber estado redondeada de no ser por los problemas de Sainz. Sin duda el madrileño habría peleado la victoria con Loeb y buena muestra de ello es el tiempo recuperado respecto a otros pilotos en la segunda mitad de etapa (con el propio Sébastien casi 3 minutos). Entre los Toyota, Vladimir Vasilyev ha arrebatado a Giniel De Villiers el papel de número uno del equipo. El ruso ya lo hizo muy bien con MINI el año pasado, anotándose incluso alguna victoria de etapa. En T2, Foj ha hecho valer su experiencia y ha sacado una ventaja de 6 minutos al que promete ser su principal rival por la categoría, Nicolas Gibon.
Tiempos de la 2ª etapa del Dakar 2016 en coches:
| Pos | Piloto | Equipo | Tiempo |
| 1 | 314 – SEBASTIEN LOEB(FRA) | PEUGEOT | 3h45m46s |
| 2 | 302 – STEPHANE PETERHANSEL(FRA) | PEUGEOT | +00:02:23 |
| 3 | 307 – VLADIMIR VASILYEV(RUS) | TOYOTA | +00:02:38 |
| 4 | 301 – GINIEL DE VILLIERS(ZAF) | TOYOTA | +00:03:01 |
| 5 | 315 – MIKKO HIRVONEN(FIN) | MINI | +00:03:05 |
| 6 | 319 – LEEROY POULTER(ZAF) | TOYOTA | +00:03:20 |
| 7 | 321 – CYRIL DESPRES(FRA) | PEUGEOT | +00:04:00 |
| 8 | 300 – NASSER AL-ATTIYAH(QAT) | MINI | +00:04:18 |
| 9 | 329 – MARTIN PROKOP(CZE) | TOYOTA | +00:04:25 |
| 10 | 311 – BERNHARD TEN BRINKE(NLD) | TOYOTA | +00:05:02 |
Los españoles en meta:
| 14 | 303 – CARLOS SAINZ(ESP) | PEUGEOT 2008 DKR | +00:11:03 |
| 44 | 304 – NANI ROMA(ESP) | MINI ALL4 RACING | +00:46:48 |
| 44 | 353 – RUBEN GRACIA(ESP) | MITSUBISHI MONTERO | +00:47:06 |
| 51 | 348 – XAVIER FOJ(ESP) | TOYOTA LAND CRUISER 150 | +00:51:28 |
| 81 | 320 – XAVIER PONS(ESP) | FORD RANGER | +01:33:40 |
La general del Dakar 2016 en coches tras 2ª etapa:
| Pos. | Nombre | Marca | Tiempo | Diferencia |
| 1 | LOEB (FRA), ELENA (MCO) | PEUGEOT | 003:52:03 | |
| 2 | PETERHANSEL (FRA), COTTRET (FRA) | PEUGEOT | 003:54:26 | 00:02:23 |
| 3 | VASILYEV (RUS), ZHILTSOV (RUS) | TOYOTA | 003:54:45 | 00:02:42 |
| 4 | DE VILLIERS (ZAF), VON ZITZEWITZ (DEU) | TOYOTA | 003:55:04 | 00:03:01 |
| 5 | HIRVONEN (FIN), PERIN (FRA) | MINI | 003:55:06 | 00:03:03 |
| 6 | POULTER (ZAF), HOWIE (ZAF) | TOYOTA | 003:55:43 | 00:03:40 |
| 7 | DESPRES (FRA), CASTERA (FRA) | PEUGEOT | 003:56:03 | 00:04:00 |
| 8 | AL-ATTIYAH (QAT), BAUMEL (FRA) | MINI | 003:56:17 | 00:04:14 |
| 9 | PROKOP (CZE), TOMANEK (CZE) | TOYOTA | 003:56:32 | 00:04:29 |
| 10 | TEN BRINKE (NLD), COLSOUL (BEL) | TOYOTA | 003:56:56 | 00:04:53 |
| 14 | SAINZ (ESP), CRUZ (ESP) | PEUGEOT | 004:03:00 | 00:10:57 |
Entre los camiones, ha sido Hans Stacey el que se ha impuesto por delante de su compañero de MAN, Peter Versluis y su ex-jefe en IVECO, Gerard De Rooy, completando lo que ha sido un triplete plenamente holandés. El primer no-miembro de la naranja mecánica ha sido el TATRA de Martin Kolomy, mientras que Federico Villagra ha vuelto a dejar una buena sensación de velocidad ocupando el último lugar del Top 5.
Clasificación de la 2ª etapa del Dakar 2016 en camiones:
| Pos | Piloto | Marca | Tiempos |
| 1 | 506 – HANS STACEY(NLD) | MAN | 4h18m18s |
| 2 | 510 – PETER VERSLUIS(NLD) | MAN | +00:00:48 |
| 3 | 501 – GERARD DE ROOY(NLD) | IVECO | +00:01:51 |
| 4 | 505 – MARTIN KOLOMY(CZE) | TATRA | +00:02:39 |
| 5 | 514 – FEDERICO VILLAGRA(ARG) | IVECO | +00:02:44 |
| 6 | 503 – ALES LOPRAIS(CZE) | IVECO | +00:03:06 |
| 7 | 516 – TON VAN GENUGTEN(NLD) | IVECO | +00:03:40 |
| 8 | 500 – AIRAT MARDEEV(RUS) | KAMAZ | +00:04:25 |
| 9 | 502 – EDUARD NIKOLAEV(RUS) | KAMAZ | +00:05:08 |
| 10 | 504 – ANDREY KARGINOV(RUS) | KAMAZ | +00:08:45 |
En Diariomotor Competición | Dakar 2016
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